Après avoir remercié Kaoru qui tentait désespérément de l’arrêter, Kenshin se rend finalement à Kyoto. Là-bas, armé de son sabre, il va devoir faire face à son ennemi le plus redoutable jusqu’à maintenant : Shishio, l’homme que tout le monde craint. Mais c’est sans compter les nombreux alliés de Sojiro qui vont se mettre sur son chemin....

Une nouvelle vie commence pour Kenshin, installé avec Kaoru et ses amis, jusqu'au jour où il est appelé par le gouvernement : Makoto Shishio, célèbre assassin, a été trahi, brûlé vif et laissé pour mort. Survivant et avide de vengeance, il est désormais à Kyoto où il prépare un complot avec sa troupe de guerriers pour renverser le gouvernement. Kenshin se voit donc obligé d'aller contrer les plans de Shishio pour l'avenir de son pays....

Inspiré de véritables journaux et registres de comptes, "Bushi no Kakeibo" fait la chronique du déclin de l'ère des samurai du XIXe siècle au Japon. Spécialiste en comptabilité sans aucun talent pour le combat à l'épée, Naoyuki n'a rien d'un samurai. Il défend néanmoins loyalement son seigneur et sa famille à l'aide d'une arme peu probable : un boulier.Possédant un sens de l'honneur aussi aiguisé que celui de n'importe quel guerrier et une éthique rigoureuse, même au milieu de la pauvreté, Naoyuki s'illustre comme un héros à l'approche des temps modernes....