C'est l'été à Okinawa, en 2112, et Teppei Sugo est un pilote participant aux opérations militaires de la 15ème force opérationnelle interarmées des Forces de défense nationales. Trois mois plus tard, des drones armés sans pilote attaquent Tokyo et le ministère de la Défense. Pour enquêter sur l'affaire, Tomomi Masaoka, responsable de la division 1 du Département des enquêtes criminelles, se rend à la base militaire de la Défense nationale et, avec l'aide de l'inspecteur Ayonagi et Sugo, découvre la vérité derrière cette affaire....

Hiver 2117, un véhicule en fuite s’écrase contre l’édifice du Bureau de la sécurité publique. Le chauffeur est identifié comme étant Izumi Yasaka, un conseiller psychologique de Sanctuary, un centre d’isolement criminel latent situé dans la préfecture d’Aomori. Mais juste avant son interrogatoire, l’enquêteur Mika Shimotsuki et l’inspecteur Nobuchika Ginoza sont chargés d’escorter rapidement Yasaka à Aomori…...

Une paire de bijoux renferme le secret d'un trésor encore plus grand, mais il y a tant d'obstacles sur le chemin de Lupin. Le plus petit est Maki, une jeune fille de quatorze ans qui veut que Lupin lui apprenne à être une voleuse. Mais quel est son lien avec le trésor et la mystérieuse fille Misa, une fille qui ne peut pas mourir ? Les secrets derrière le trésor remontent même au passé de Lupin ; le Sceau de sang sera-t-il ouvert ?...