Un détective privé est engagé par la femme d'un homme disparu pour retrouver celui-ci. Des preuves contradictoires et l'absence d'indices rendent l'affaire pratiquement insoluble, et le détective se montre de plus en plus frustré....

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A la fin de la Seconde Guerre mondiale, le calvaire des derniers soldats japonais, pris entre les guérilleros philippins et les troupes américaines....

Des pilleurs de tombes réveillent par erreur un terrible démon des ruines de Babylone. Ce dernier vole alors vers le Japon où il prend l´apparence d´un haut magistrat, multipliant les actes de vampirisation. Pour tenter d´arrêter le mal, la petite fille du fonctionnaire et un jeune paysan font appel à des Yokais, des fantômes pacifistes mais terrifiants....

Zatoichi se retrouve fortuitement invité à une cérémonie qui réunit tous les clans yakuzas de la région, sous l'égide de leur chef suprême, un cruel et démoniaque parrain, aveugle comme lui. D'abord accueilli comme un des leurs, le "parrain Zatoichi", porte-parole de valeurs morales très personnelles, devient vite un convive gênant. Craignant qu'il ne nuise au bon déroulement de la cérémonie qui doit élire son successeur, le roi de la pègre, surnommé aussi le "shogun de l'ombre", décide d'éliminer Zatoichi. Pour cela, il va utiliser la seule arme capable, d'après lui, de terrasser le bretteur hors pair : la séduction. Et, effectivement, Zatoichi va tomber éperdument amoureux de la femme chargée de le tuer......

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Zatoichi est hébergé par un parrain qui lui demande, comme service rendu aux yakuzas, de servir de témoin à l'exécution d'un mauvais payeur. Mais les hommes chargés de la besogne s'avèrent incapables de s'en acquitter, et c'est finalement Zatoichi qui effectue le contrat. Il découvre alors que la victime avait une sœur et que c'est en vérité elle qui intéresse le chef du clan, puisqu'il l'a promise à un riche marchand en échange d'un poste de fonctionnaire. La jeune femme veut d'abord assassiner Zato avant de se rendre compte qu'elle est en fait tombée amoureuse de lui. Désormais, le masseur aveugle doit la protéger contre un gang de yakuzas au grand complet, tout en se préparant à combattre un étrange samouraï désireux de se mesurer à lui......

Au hasard de ses pérégrinations, un moine à la petite vertu va se mettre à suivre une charmante femme lui ayant tapé dans l’œil. Cette dernière, qui est la femme du fabriquant d'or du shogun, accompagne celui-ci en visite dans un temple en province. Mais cela n'effraie pas notre moine qui va malgré tout essayer de la rencontrer pour finalement mettre le nez dans une sombre histoire familiale....

Zatoichi porte secours à une voyageuse en train d’accoucher et qu’un yakuza vient de détrousser. Il sauve le bébé, mais la mère meurt en prononçant le nom du père: “Sataro, à Shiobara”. Zatoichi prend le nourrisson sous sa protection, tandis qu’un mystérieux enfant l’épie, jusqu’à Shiobara où il ne trouve que la sœur de Sataro, Oyaé, harcelée par des yakuzas. Elle attend son frère, d’une province voisine, qui doit apporter l’argent destiné à payer sa dette. Quand Sataro se fait enfin expliquer les circonstances du drame, l’enfant (qui n’est autre que son fils aîné) réapparaît et accuse le masseur aveugle du meurtre de sa mère......

Une procession officielle tourne au carnage lorsque les gardes de l'escorte tentent de tuer un jeune garçon d'origine chinoise qui a eu le malheur de se trouver sur leur route. Sa famille, qui vole à son secours, est massacrée mais les agresseurs sont à leur tour décimés par un étrange bretteur manchot, Wang Kang (Jimmy Wang Yu), venu à la rescousse de ses compatriotes. L'enfant arrive à s'enfuir et est recueilli par Zatoichi qui finit par croiser la route de Wang. Mais ils sont poursuivis par les hommes du gouvernement et des yakuzas à leur solde, qui veulent faire disparaître les derniers témoins du drame tout en accusant Wang du massacre. Ce dernier se méfie de tout le monde, y compris de Zatoichi dont il ne comprend pas la langue. Ces deux justiciers devront-ils finalement s'affronter ?...

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