Lorsque Gonzo oublie d'envoyer trois lettres au Père Noël, il convainc Kermit et la bande de l'aider à livrer les lettres au pôle Nord. En cours de route, ils découvrent que Noël est le moment idéal pour être avec ceux qui vous tiennent le plus à cœur. Ils rentrent ensuite chez eux pour réaliser le souhait de Noël d'un ami....

Les Muppets sont de retour ! Ils viennent d'obtenir leur diplôme à la fac et veulent fêter ça en allant vendre leur nouveau show, "Manhattan Melodies", chez les producteurs de Manhattan. Sauf que personne n'en veut, et les Muppets se séparent : Kermit se fait une nouvelle amie, Jenny, et rend jalouse la pauvre Peggy. Rowlf devient secrétaire chez un vétérinaire, Fozzie s'installe dans une cave, et Peggy ne peut s'empêcher de surveiller de près son Kermit tout en continuant à travailler sur le spectacle. Enfin, un jeune producteur se décide à financer leur show; le gang des Muppets est en route pour Manhattan lorsque Kermit se fait renverser par une voiture. Devenu amnésique, ses amis tentent de lui faire recouvrer la mémoire......

Gonzo a des états d'âme. Il ne connaît personne qui lui ressemble, et même son vieil ami Rizzo le rat ne parvient plus à le faire sourire. Quand il découvre de mystérieux messages extra-terrestres, Gonzo entrevoit le début d'une réponse. Il va tenter de communiquer avec les auteurs de ces messages. Mais c'est compter sans le machiavélique K. Edgar Singer, patron de l'agence gouvernementale, qui veut l'utiliser afin de capturer des extra-terrestres....