C'est Halloween à Gotham. Pour fêter ça, les plus grands méchants de la ville ont tous uni leurs forces pour mettre en place une série de crimes. Batman se lance dans l'action pour les arrêter, rejoint par Green Arrow, Cyborg, Nightwing et Red Robin. Mais il semble que les méchants travaillent pour le pire d'entre-eux, Le Joker, qui a une surprise : un virus informatique qui fait rire tous les logiciels et qui les force à lui obéir. Est-ce que les héros peuvent arrêter le virus avant qu'il ne transforme tout Gotham en Jokerville? Batman va-t-il trouver un moyen de battre le Joker maintenant que ses fidèles gadgets et véhicules ont succombé au virus ?...

Cherchant à laisser leur carrière d'enquêteur derrière eux, l'équipe de Scooby-doo part pour un voyage tous frais payés sur une mystérieuse - mais étrangement familière - île tropicale. Leur voyage va cependant prendre une nouvelle tournure dès lors qu'ils rencontrent les zombies qui peuplent l'île....