Suite à l'assassinat de la Reine Malta, Lupin et Jingen infiltrent l'East Doroa dans le but de voler le trésor de Little Comet. Leur mission est un succès jusqu'à ce qu'un tireur d'élite, Yael Okuzaki, arrête Jingen. Un nouvel ennemi se tient devant Lupin et son coéquipier…...

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Les batteries Photon acheminées depuis l'espace par la Capital Tower, un ascenseur spatial sur-protégé, sont devenues la principale source d'énergie de la Terre. Bellri Zenam, cadet des forces de défense de la Capital Tower, est attaqué pendant un entraînement sur la structure par un Mobile Suit très avancé et participe à sa capture. Aux côtés de la jeune captive Aida, le jeune Bellri ressent quelque chose de nouveau et mystérieux : il est capable d'activer le Mobile Suit haute performance qu'elle appelle le « G Self ». Situé dans l'ère Regild Century, faisant suite à l'Universal Century, les jeunes homme et femme vont se rapprocher de la vérité à travers leurs aventures....

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Dans ce nouvel épisode spécial, des événements poussent Jigen à vouloir éliminer Lupin. Goemon, ne pouvant pas pardonner la trahison de son ami, se range du côté de Lupin pour l'aider à le vaincre. Un terrible combat s'engage ainsi entre ces trois anciens amis !...

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