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Suite au massacre de Nibelheim par Sephiroth, Zack et Cloud tentent de fuir les forces de la Shinra et les Turks afin de rentrer à Midgar. Leur fuite est entrecoupée de flash-backs autour des événements ayant eu lieu à Nibelheim....

Pendant la période connue en astrologie comme l'ère du Verseau, une flotte alien nommée Eraser attaque la Terre, dévastant les villes du monde entier. Toutefois, la résistance s'organise et une contre-offensive est lancée grâce aux 4 factions (Arayashiki, Wizdom, Darklore & E.G.O.) qui se battaient pour le contrôle de la planète mais qui unissent leurs forces pour repousser l'envahisseur. Par la suite, la Terre est placée sous l'autorité de l'empire Polestar. Cependant, la paix est brisée lorsque l'empire commence à utiliser la magie interdite. Des puissances obscures vont alors entraîner de nouveau la Terre dans le chaos....