Sur la planète Latimar, Takeshi Kovacs doit protéger une précieuse tatoueuse tout en enquêtant sur la mort d'un chef yakuza au côté d'une C-TAC qui ne plaisante pas....

L’organisation Caldea envoie Ritsuka Fujimaru, Mash et Da Vinci pour enquêter sur ce qui devrait être la ville sainte de Jérusalem. Sur place ils découvrent que cette ville a été remplacé par Camelot, dirigée par Arturia Pendragon et ses Chevaliers de la Table Ronde. La ville ouvre ses portes à de rares élus désignés par les chevaliers mais une terrible vérité se cache derrière ses murs. Ils rencontrent sur leur chemin, Bedivere qui tente de retrouver son roi, de la faction adverse des Pharaons dirigé par Ozymandias et Nitocris et des résistants menés par Arash et les Hassans, tentant de mettre fin au joug de Camelot....

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« Mon objectif est détruire ce monde ! » Shin perd le contrôle de son Geass. Akito est résolu à l'affronter dans un ultime combat fratricide. L'unité wZERO a certes réussi à réduire les troupes euro-britanniennes de deux tiers grâce à la bombe larguée par Yukiya, mais elle est toujours en position de faiblesse, recluse dans le château de Weisswolf. Ashley, un ancien ennemi de l'unité, change de camp et vient leur prêter main forte. Avant de partir pour l'ultime combat, Akito coupe sa tresse et la donne à Leila. Quand les âmes sont unies, le secret de l'avenir est mis à nu. Le futur qui les attend sera-t-il celui de l'espoir ou du désespoir ? La bataille de la destinée touche à sa fin. Voici venir la conclusion de Code Geass - Akito the Exiled !...

La guerre entre Britania et la République Unie d’Europia arrive à un point décisif. Tandis que le groupe terroriste de la Flotte de l’Arche sème le chaos en Europia, l’unité « W-Zero », dirigé par Akito Hyûga, contre-attaque et s’en prend au quartier général de la Flotte de l’Arche : un dirigeable géant nommé Gallia Grande. Alors que la bataille fait rage, Leila perd tout contact avec Akito. Au même moment, le Saint-Empire de Britania profite de l’absence d’Akito et de ses soldats, pour attaquer le château Weiswolf, un des points stratégiques d’Europia. Leila assiste, impuissante, à l’invasion de Shin et des Chevaliers de Saint-Michel. Va-t-il réussir à prendre possession du Château ?...