Suite à l'assassinat de la Reine Malta, Lupin et Jingen infiltrent l'East Doroa dans le but de voler le trésor de Little Comet. Leur mission est un succès jusqu'à ce qu'un tireur d'élite, Yael Okuzaki, arrête Jingen. Un nouvel ennemi se tient devant Lupin et son coéquipier…...

Goemon Ishikawa est en quête de vengeance… Un jeune samouraï, Goemon Ishikawa sauve le chef du Tetsuryu-kai d'une attaque sur un navire de jeu au large de la côte d'Izuin au Japon. Peu de temps après, le navire explose tuant le chef de gang. Le responsable est un soldat ayant fait plus de 2 000 victimes au combat, plus connu sous le nom de code « Hawk ». L'inspecteur Zenigata suit sa trace tandis que Goemon se met également à sa recherche en quête de vengeance. Hawk prend pour cible le groupe de Lupin, mais la chute d'un arbre le bloque, révélant un Goemon prêt à en découdre dans un duel sanglant....