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Homura Akemi sauve de justesse Madoka Kaname, Kyôko Sakura et Sayaka Miki des mains d'une puissante sorcière. Les jeunes filles découvrent alors que Sayaka est désormais une sorcière, et qu'il est impossible de la sauver. Kyôko décide d'aller la combattre pour tenter de la faire revenir à la raison. De son côté, Homura prépare son plan qui consiste à combattre la nuit des Walpurgis, une très puissante sorcière et à protéger coûte que coûte Madoka de son destin...