A Hollywood, en 1947, les personnages de dessins animés, ont leur propre ville, Toon Town. Roger Rabbit, un lapin vedette, soupçonne sa femme, la pulpeuse Jessica, de le tromper. Pour le faire revenir dans le droit chemin, le producteur R.K. Maroon décide de prouver l'infidélité de Jessica. Il engage Eddie Valiant, un détective privé humain et alcoolique, qui voue une haine féroce aux Toons....

Boone, jeune homme perturbé, est convaincu qu’il est responsable des horribles meurtres qui terrorisent la région. Son psychiatre, Decker, le convainc de se rendre à la police. Accablé de tourments, car il ne se souvient pas de ce qui s’est passé, Boone décide de mettre fin à ses jours, mais échoue. C’est à l’hôpital où il se fait soigner qu’il entend parler de Midian, ville fantôme, refuge des Enfants de la Nuit, nécropole souterraine cachée du reste du monde qui rassemble les exclus de la société. Ce havre d’exil semble parfait pour un dangereux meurtrier recherché par les forces de l’ordre. Mais arrivé aux portes de la cité, Boone se fait abattre sèchement par la police, pensant qu’il avait une arme. Boone est désormais l’un des leurs ! Une créature de la nuit ! Lori, sa petite amie, va devoir affronter les ténèbres pour le retrouver…...

Dans ce thriller comique, un avocat et une pirate informatique cherchent à se venger d'un promoteur qui a dépouillé les habitants d'une île de leurs terres....