Tex Richman est un homme d'affaire qui compte acheter le théâtre des Muppets. Gary, Marie et Walter la marionnette se mettent alors à la recherche des anciens du théâtre, séparés depuis plusieurs années, afin de tenter de sauver cet endroit qui leur est très cher. Ils arrivent à retrouver Kermit la grenouille qui part à son tour dans le but de réunir ses anciens compagnons de scène....

...

En quatre années passées à protéger la Terre de toutes sortes d’invasions extraterrestres, l’agent J, qui travaille secrètement au quartier général des Men in Black, n’a toujours pas trouvé de partenaire avec qui faire équipe. À la suite d’un crime étrange impliquant des extraterrestres, l’agence découvre l’existence d’un redoutable complot menaçant notre planète. Serleena, une maléfique séductrice qui a pris l’apparence d’un top‐model en lingerie fine, est prête à tout pour accomplir son sinistre dessein. J a absolument besoin des services de K, son ancien partenaire qui n’a plus aucun souvenir des MIB et travaille dorénavant à la Poste. J va devoir par tous les moyens le faire sortir de sa retraite....