« Vous êtes peut-être dans un jeu, mais vous n'êtes pas là pour jouer. » Un mois a passé depuis que Sword Art Online, le tout premier MMORPG en réalité virtuelle, a été coupé du monde. Pour dix mille joueurs, toute mort en jeu entraîne inévitablement un décès dans le monde réel. Après avoir terminé le premier palier, Asuna et Kirito continuent l'aventure ensemble, un seul objectif en ligne de mire : vaincre le boss du dernier palier et en finir avec ce jeu macabre. La conquête du château progresse tranquillement grâce à l'aide précieuse d'Argo, une indic, mais un nouveau péril menace les joueurs....

C'est l'automne et la ville de Neo-Venezia est couverte de feuilles mortes. Quelque chose dérange Anya, qui travaille à Orange Planet. Ses collègues plus âgées, Alice et Athena, ne se sont pas vues en raison de leurs emplois du temps chargés, ce qui rend Athena triste. Mais Alice semble l'éviter complètement. Avec l'aide de ses amies Ai et Azusa, Anya tente de trouver un moyen définitif pour qu'Alice et Athena se retrouvent....