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Le monde est en grand danger ! Considérant les Alters comme un fléau, l’organisation Humarise a décidé d’éradiquer les détenteurs de ces pouvoirs de la surface du globe. Pour ce faire, elle a placé des bombes exacerbant les Alters, jusqu’à en tuer leurs possesseurs. Tous les super-héros et les apprentis de Yuei sont envoyés à travers le monde pour éviter la catastrophe. Alors que Deku, Katsuki et Shoto suivent Endeavor pour endiguer la menace, Deku se retrouve accidentellement impliqué dans un incident et activement recherché par les autorités. Mais l’horloge tourne et ils n’ont que deux heures avant que ne se produise le pire. Face à un péril d’une ampleur sans précédent, le sort du monde et celui des héros repose désormais entre leurs mains !...

L'histoire se déroule à Tokyo, dans un monde inondé de bulles ayant modifié les lois de la gravité. Coupée du reste du monde, Tokyo est devenue le terrain de jeu d'un groupe de jeunes adeptes de parkour privés de leurs familles, dont les équipes s'affrontent d'immeuble en immeuble. Un jour, après une figure périlleuse, Hibiki, jeune prodige connu pour son style de jeu risqué, est propulsé vers l'océan dénué de gravité qui entoure la ville. Il est sauvé par l'intervention soudaine d'Uta, jeune fille aux pouvoirs mystérieux. Tous deux vont alors entendre un son qu'eux seuls peuvent percevoir. Pourquoi Uta a-t-elle ainsi rejoint Hibiki ? Leur rencontre les mènera à une révélation qui va changer le monde....

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