En cette année 859, la Chine est ravagée par les conflits. La dynastie Tang, autrefois prospère, est sur le déclin, et le gouvernement corrompu s'épuise à lutter contre les groupes de rebelles toujours plus nombreux qui se dressent contre lui. La plus puissante de ces armées révolutionnaires et la plus prestigieuse de toutes est la Maison des Poignards Volants. Deux capitaines, Leo et Jin sont envoyés pour capturer le mystérieux chef de cette redoutable armée. Ils élaborent un plan : Jin se fera passer pour un combattant solitaire nommé Vent, se portera au secours de la belle révolutionnaire aveugle Xiao-Mei et la fera sortir de prison. Gagnant ainsi sa confiance, il l'escortera jusqu'au quartier général secret de la Maison des Poignards Volants. Le plan marche à la perfection, mais au cours de leur long périple, Jin et Xiao-Mei tombent amoureux l'un de l'autre. Le danger les guette à chaque pas. Pourtant, si leur amour est vraiment pur, alors pourquoi cachent-ils autant de secrets ?...

Quelques-uns des bourreaux parmi les plus méchants du précédent volet se retrouvent dans une maison pour discuter de la possibilité de reconstruire le fameux camp 731 afin de renouveler leurs macabres expériences. Tardant à prendre une décision, ils se remémorent leurs méfaits passés....