« Abyss », un lieu intriguant et nimbé de mystère. Un trou béant, seul lieu inexploré du monde. Un endroit fascinant et dangereux. Rico, jeune orpheline, a grandi dans une petite ville située au bord du gouffre tout en rêvant de devenir Cave Raiders, comme sa mère. Un jour, alors qu'elle se décide à entrer dans l'Abyss, elle rencontre un étrange robot qui ressemble à s'y méprendre à un être humain....

Dans ce nouvel épisode spécial, des événements poussent Jigen à vouloir éliminer Lupin. Goemon, ne pouvant pas pardonner la trahison de son ami, se range du côté de Lupin pour l'aider à le vaincre. Un terrible combat s'engage ainsi entre ces trois anciens amis !...

L'histoire se déroule à Tokyo, dans un monde inondé de bulles ayant modifié les lois de la gravité. Coupée du reste du monde, Tokyo est devenue le terrain de jeu d'un groupe de jeunes adeptes de parkour privés de leurs familles, dont les équipes s'affrontent d'immeuble en immeuble. Un jour, après une figure périlleuse, Hibiki, jeune prodige connu pour son style de jeu risqué, est propulsé vers l'océan dénué de gravité qui entoure la ville. Il est sauvé par l'intervention soudaine d'Uta, jeune fille aux pouvoirs mystérieux. Tous deux vont alors entendre un son qu'eux seuls peuvent percevoir. Pourquoi Uta a-t-elle ainsi rejoint Hibiki ? Leur rencontre les mènera à une révélation qui va changer le monde....

Dans une petite ville paisible de Kyushu, une jeune fille de 17 ans, Suzume, rencontre un homme qui dit voyager afin de chercher une porte. Décidant de le suivre dans les montagnes, elle découvre une unique porte délabrée trônant au milieu des ruines, seul vestige ayant survécu au passage du temps. Cédant à une inexplicable impulsion, Suzume tourne la poignée, et d'autres portes s'ouvrent alors aux quatre coins du Japon, laissant entrer toutes les catastrophes qu'elles renferment. L'homme est formel : toute porte ouverte doit être fermée. Là où elle s'est égarée se trouvent les étoiles, le crépuscule et l'aube, une voûte céleste où tous les temps se confondent. Guidée par des portes nimbées de mystère, Suzume entame un périple en vue de toutes les refermer....