Ryota vole un un bateau pour partir à la recherche de son frère disparu. Pendant le voyage en mer, le navire est attaqué par une terrible créature géante, Ebirah. Ayant accosté sur l'île de Letchi, il découvre que Mothra, un autre monstre, pourrait être capable de l'arrêter. En réalité, Mothra a besoin de renfort et Ryota va alors tout faire pour réveiller Godzilla......

Pendant la Guerre du Pacifique, des membres de l'armée américaine sont victimes d'un crash aérien et se retrouvent isolés sur une île déserte. Croyant être seuls, ils découvrent alors la présence de soldats japonais, eux aussi perdus. Les deux camps s'affrontent alors à de multiples reprises mais de fil en aiguille, cet exil, loin de leur pays commun, va les transformer et rapprocher ces ennemis historiques....

Deux astronautes partent en mission d'exploration sur une planète orbitant autour de Jupiter et récemment découverte. Arrivés sur place, ils rencontrent les habitants, les Ixiens, qui sont assiégés et contraints de vivre sous terre à cause de King Ghidorah. Les Ixiens proposent un marché aux Terriens : si ceux-ci acceptent de leur prêter Godzilla et Rodan pour tuer King Ghidorah, ils offriront à la Terre un vaccin capable de guérir toutes les maladies....

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Récit somptueux de la véritable histoire du voyage final et de la destruction et du naufrage ultimes du cuirassé Yamato, le plus grand navire amiral du Japon durant la Seconde Guerre mondiale....

Un étrange astéroïde s'écrase sur Terre et l'équipe du professeur Murai part enquêter sur place. Pendant ce temps, une femme étrange prétendant être une Martienne annonce que, si l'humanité ne se repent pas, elle sera détruite. La Martienne prophétise le retour de Godzilla et Rodan, ainsi que la venue d'un monstre de l'espace appelé King Ghidorah. Les prophéties se réalisent et Ghidrah sème la terreur. Seule solution : Godzilla, Rodan et Mothra doivent accepter de coopérer pour vaincre le monstre de l'espace....

À la fin du XXe siècle, les monstres sont parqués sur l’île d’Ogasawara. Ils sont retenus sur l’île par des moyens prodigieux. Mais un jour, les barrières se dissipent et les monstres s’évadent. L’équipe du SY-3 est chargée d’enquêter. Ils se retrouvent face aux Kilaaks, des extraterrestres, auteurs du dysfonctionnement. Ils prévoient d’utiliser les monstres de l’île pour prendre le contrôle de la planète. Les monstres attaquent les capitales des plus grands pays simultanément. Un seul moyen de les arrêter, couper la liaison mentale entre les monstres et les Kilaaks....

Un génie du mal nommé le Dr Who - Dr.Huu dans la version japonaise - a créé le robot Kong (parfois dénommé Mechani-Kong dans la version japonaise) pour creuser à la recherche d'un élément hautement radioactif appelé "Elément X". Quand il échoue, il séquestre le vrai King Kong pour faire le travail à sa place. Peu après les deux monstres s’affrontent en plein Japon......

Les aliens de la troisième planète du Trou noir récupèrent la carcasse de MechaGodzilla dans le but de le lancer une nouvelle fois contre Godzilla, le protecteur de la Terre. Le robot malfaisant sera aidé par le Titanosaurus, un dinosaure contrôlé par des scientifiques....

En 1945, le sergent de l'armée japonaise Kosugi et un peloton de jeunes recrues vertes doivent reprendre et défendre un fort occupé par les forces chinoises....

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Sukezaemon est un bandit recherché pour piraterie par les autorités japonaises. Arrivant à s’échapper de son exécution, il affirme devant tout ses hommes vouloir devenir un véritable pirate. Mais le sort en décidera autrement puisque une tempête vient détruire ce rêve, réduisant le bateau en pièces, tuant tout l’équipage. Il se retrouve seul avec un trésor et deux hommes. Et une seconde fois, la malchance s’abat sur lui, dans cette détresse il croise le grand Pirate Noir qui ne se prive pas de tuer les deux hommes et de lui voler son trésor. Délaissé en pleine mer, il dérive vers une terre inconnue où un vieillard lui vient en aide. Il apprend que la situation du pays est plutôt mauvaise, en effet le roi prend en otage les femmes sans jamais les libérer. Mais c’est en apercevant la princesse et ses bijoux, qu’il décide d’aller voir d’un peu plus près la réalité....

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Alors que le Japon se joint à un pacte politique avec l'Allemagne nazie et l'Italie fasciste, l'amiral Yamamoto Isoroku est nommé commandant suprême de la flotte japonaise. Avec le Japon dirigé inexorablement vers la guerre, Yamamoto, malgré ses réticences, croit que la seule victoire possible réside dans la destruction de la flotte américaine, par surprise, à Pearl Harbor. L'attaque réussit, mais ne parvient pas à couler la flotte de porte-avions américain. Ainsi Yamamoto doit conduire la marine japonaise dans la guerre avec la probabilité de succès toujours plus restreinte....

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Après la détonation des bombes atomiques sur Hiroshima et Nagasaki, l'armée japonaise et le gouvernement se sont opposés à la demande des Alliés de se rendre sans condition. Le ministre de l'armée Anami conduit les officiers militaires qui se proposent de se battre, même à la mort de tous les citoyens japonais. L'empereur Hirohito, cependant, se joint à ses ministres pour demander l'impensable, la reddition pacifique du Japon. Lorsque les militaires complotent pour renverser le gouvernement civil de l'Empereur, Anami doit faire face au choix entre ses désirs et sa loyauté envers son Empereur....

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