Lupin commence son vol d'un trésor culturel japonais récemment découvert et transporté en Allemagne. Cependant, pendant sa tentative de vol, il est témoin de la "mort" supposée de Zenigata, un plan élaboré par un clan de ninja qui est également à la recherche du trésor. Lupin et ses amis peuvent-ils empêcher le clan ninja d'obtenir ce qu'ils cherchent ?...

En 2131, les bioroïds - clones créées pour réfréner les passions humaines - vivent en harmonie avec leurs créateurs dans la belle cité d'Olympus. A l'aube d'une nouvelle menace, le commandant Deunan est mandaté pour empêcher un génocide bioroïd. Mais cette guerrière d'élite se révèle être la pièce maîtresse d'un puzzle dont elle ignore encore les règles et les conséquences : la survie des deux espèces....