Nous sommes à Tokyo dans un futur indéterminé. Alors que la puissante famille Hogetsu dirige et surveille 90 % de la terre du haut d'un satellite, les habitants de la planète bleue ont fini par se laisser dominer avec la certitude de vivre ainsi en paix. Mais cette nouvelle vie n'est pas au goût de tout le monde puisque, en effet, une petite poignée de rebelles se décide donc à renverser cet empire érigé dans le sang. Dans un quartier délabré de Shinjuku, l'une des seules zones neutres de la terre, une jeune femme, du nom de Seria, rencontre et recueille le seul survivant d'un groupe de rebelles en fuite. Pendant ce temps, sa meilleure amie, Meï, fait la rencontre fortuite d'un sombre et mystérieux personnage se faisant appeler « Darkside »....