Durant la Seconde Guerre mondiale, dans la Pologne occupée, Romek (Haley Joel Osment), un enfant juif de douze ans, se réfugie chez une famille de paysans catholiques pour échapper à l'envahisseur nazi. Il fait la rencontre de Priest (Willem Dafoe), un prêtre excentrique mais compréhensif, qui guide les enfants de la communauté juive à travers une série d'événements tantôt comiques tantôt dramatiques....