L'histoire se déroule un an après le premier film. On y suit les deux survivants rentrer chez eux et tenter d'alerter l'opinion publique sur ce qui s'est passé sur l'île. Leurs déclarations provoquent un chaos sur tout le pays, violemment réprimé par le pouvoir militaire. Ce dernier décide alors de faire participer les deux opposants à la deuxième session de Battle Royale en compagnie d'une classe beaucoup moins tendre que la précédente....
Kana vit seule à Tokyo. Un jeune homme, fraichement arrivé dans la même entreprise, va jeter son dévolu sur elle. Mais il ne sait pas encore qu’autour des courbes de la belle Kana rode un individu bien mystérieux…...
