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Dans une petite ville paisible de Kyushu, une jeune fille de 17 ans, Suzume, rencontre un homme qui dit voyager afin de chercher une porte. Décidant de le suivre dans les montagnes, elle découvre une unique porte délabrée trônant au milieu des ruines, seul vestige ayant survécu au passage du temps. Cédant à une inexplicable impulsion, Suzume tourne la poignée, et d'autres portes s'ouvrent alors aux quatre coins du Japon, laissant entrer toutes les catastrophes qu'elles renferment. L'homme est formel : toute porte ouverte doit être fermée. Là où elle s'est égarée se trouvent les étoiles, le crépuscule et l'aube, une voûte céleste où tous les temps se confondent. Guidée par des portes nimbées de mystère, Suzume entame un périple en vue de toutes les refermer....

Après avoir affronter Geese Howard, Terry doit désormais faire face à Wolfgang Krauser, un puissant combattant allemand. Subissant la plus grande humiliation de sa vie, Terry quitte ses amis et parcourt le pays, pensant sa carrière terminée. Il fait alors la rencontre de Tony, qui va l'encourager à se battre de nouveau, en affrontant encore une fois Krauser....