Ce film se déroule après la fin du dernier championnat opposant la Muppet et la Newteam. L'équipe nationale junior de football du Japon, dont fait partie Olivier Atton (Tsubasa), part pour jouer un match amical en Europe et plus précisément à Paris, pour défier une équipe composée des meilleurs éléments européens avec un certain Karl Heinz Schneider, le capitaine de l'équipe d'Allemagne, l'un des meilleurs joueurs du monde ! Les Japonais seront-ils à la hauteur pour affronter cette redoutable équipe ?...

L'histoire se passe dans le futur, après le crash d'un vaisseau alien. A-ko, une jeune fille rousse extrêmement forte et rapide, intègre, avec sa meilleur amie C-ko, la Graviton High School où elles font la connaissance de B-ko. Par la suite, elles devront affronter une race d'alien, quasi-exclusivement féminine....

...

Trois semaines après l'incident qui a laissé le vaisseau spatial du capitaine Napolipolita en équilibre sur Graviton City, A-Ko et le gang partent en vacances d'été. Alors qu'A-Ko envisage de perdre du poids et que B-Ko conçoit un autre plan pour vaincre sa rivale rousse pour gagner le cœur de C-Ko, Napolipolita et Spy-D éprouvent le mal du pays, et sont en quête d'un moyen pour retourner sur leur planète. Pendant ce temps, Hikari Daitokuji - le père de B-Ko et le PDG du groupe financier Daitokuji - arme l'armée locale avec un nouveau mécha pour attaquer le vaisseau de Napolipolita et obtenir sa technologie de pointe....

Le film se déroule après la fin de l'animé. L'équipe japonaise de football part en stage en Europe pour sélectionner les meilleurs joueurs qui participeront à la prochaine Coupe du Monde ! Là-bas, on retrouvera le formidable gardien de but Thomas Price et aussi le meilleur ami d'Olivier, Ben Becker, qui formait jadis avec lui le tandem d'or…...

Au beau milieu d'une récréation, A-Ko rêve de trouver le parfait petit ami. À cause de cela, elle et C-Ko se lancent dans une dispute qui amène C-Ko à s'enfuir et manque se faire frapper par un motard nommé Kei. Alors qu'elle travaillait à mi-temps dans un fast-food pour amasser des fonds pour une tenue de soirée, A-Ko rencontra Kei et tombe immédiatement amoureux de lui. B-Ko tombe également sous le charme. Cependant, A-Ko et B-Ko ne savent pas que C-Ko est la prunelle des yeux de Kei....

En Irak, un groupe d'archéologues découvre d'anciennes reliques qui prophétisent l'arrivée d'une race supérieure et la fin de toute civilisation. Pendant ce temps, de retour à Graviton City, alors que la rivalité entre A-Ko et B-Ko sur Kei s'intensifie, M. Daitokuji organise un mariage arrangé entre Mlle Ayumi et Kei. Furieuses des fiançailles, A-Ko et B-Ko font tout ce qu'il faut pour empêcher le mariage de se produire. Mais peu savent qu'une autre flotte extraterrestre est en route vers la Terre....

...

Edgar (Lupin), Magali (Fujiko) et Jigen assistent au mariage de Goemon. Mais pendant la cérémonie, des ninjas appartenant au clan Fuma font leur apparition et tentent de voler le vase sacré de la famille Suminawa. Ce vase permet de trouver le trésor de la famille. Réagissant avec rapidité, nos amis parviennent à récupérer le précieux objet. Malheureusement, la future mariée, Murasaki, est enlevée à la place ! Goemon et ses amis vont donc tenter de délivrer la jeune fille, trouver le trésor avant le clan Fuma, et devoir faire face à nouveau à l'inspecteur Lacogne (Zenigata), toujours aussi infatigable…...

Ce film est la suite directe du troisième. Pour préparer la prochaine Coupe du monde, les Japonais partent aux États-Unis, et plus précisément à Los Angeles, pour disputer un tournoi composé de quatre équipes : les États-Unis, une formation des meilleures espoirs européens, mais aussi de Sud-Américains, et bien sûr le Japon. On retrouvera Roberto Sedinho, qui était l'entraineur d'Olivier quand il était plus jeune. Les Japonais auront fort à faire ! Mais devant les caméras du monde entier, ils montreront que le foot est un sport ou l'on ne gagne pas si on ne s'amuse pas !...

À un an de la Coupe du monde junior, la Fédération japonaise de football organise trois matchs amicaux sur ses terres contre l'équipe hollandaise réputée comme étant l'une des meilleures équipes européennes ! Après deux premiers matchs catastrophiques (et surtout de lourdes défaites !), la Fédération fait appel à ses deux joueurs professionnels pour le troisième match, Tsubasa, qui évolue au Brésil, et Wakabayashi, qui lui joue en Allemagne. Pourront-ils venir renforcer l'équipe japonaise ? Mais surtout aussi remonter le moral de leurs compatriotes qui est au plus bas ?...

Après un match très disputé en France, le Japon et l'équipe européenne s'affrontent une nouvelle fois pour le match retour, mais cette fois-ci sur les terres nippones ! Les Japonais arriveront-ils à prouver encore que leur place sur l'échiquier mondial du football est parmi les meilleures nations du monde ?...