Le Labyrinthe de la Grisaia revient sur le passé de Yûji Kazami, personnage principale "Le Fruit de la Grisaia". Ces films sont considérés comme une suite de la saison 1 de la Grisaia, soit : "Le fruit de la Grisaia"....

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C'est l'été à Okinawa, en 2112, et Teppei Sugo est un pilote participant aux opérations militaires de la 15ème force opérationnelle interarmées des Forces de défense nationales. Trois mois plus tard, des drones armés sans pilote attaquent Tokyo et le ministère de la Défense. Pour enquêter sur l'affaire, Tomomi Masaoka, responsable de la division 1 du Département des enquêtes criminelles, se rend à la base militaire de la Défense nationale et, avec l'aide de l'inspecteur Ayonagi et Sugo, découvre la vérité derrière cette affaire....

Hiver 2117, un véhicule en fuite s’écrase contre l’édifice du Bureau de la sécurité publique. Le chauffeur est identifié comme étant Izumi Yasaka, un conseiller psychologique de Sanctuary, un centre d’isolement criminel latent situé dans la préfecture d’Aomori. Mais juste avant son interrogatoire, l’enquêteur Mika Shimotsuki et l’inspecteur Nobuchika Ginoza sont chargés d’escorter rapidement Yasaka à Aomori…...

Après l'incident survenu en 2116 dans l'Union de l'Asie du Sud-Est (SEAUn), Shinya Kogami reprend son voyage vagabond. Dans un petit pays d'Asie du Sud, Kogami sauve un bus de réfugiés attaqués par les forces armées de guérilla. Parmi les réfugiés se trouve une jeune femme du nom de Tenzin, qui supplie Kogami de lui apprendre à se venger de l'ennemi. Que voient la jeune fille qui veut se venger et l'homme qui a exigé la vengeance lorsqu'ils contemplent le bord d'un monde d'où il n'y a pas d'échappatoire ?...

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L'histoire suit une fille nommée Akeno Misaki qui s'inscrit au lycée marin des filles de Yokosuka, Kanagawa afin de devenir l'une des sirènes bleues les plus appréciées....

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Sha Wu Sheng, l'assassin connu sous le nom de Screaming Phoenix Killer, portait une inimitié mortelle contre l'Enigmatic Gale, un maître voleur. Mais ces deux hommes n'étaient pas toujours en désaccord - en fait, Wu Sheng était autrefois employé par Enigmatic Gale, et il considérait même son employeur comme un sauveur potentiel. Il a fallu un tournoi malheureux pour détruire le lien entre eux, dont les circonstances seront enfin révélées dans ce spécial Thunderbolt Fantasy ! Après cela, l'histoire se tourne vers Shang Bu Huan, révélant où son chemin l'a mené à la suite de son voyage à Demon Spine Mountain....

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L’organisation Caldea envoie Ritsuka Fujimaru, Mash et Da Vinci pour enquêter sur ce qui devrait être la ville sainte de Jérusalem. Sur place ils découvrent que cette ville a été remplacé par Camelot, dirigée par Arturia Pendragon et ses Chevaliers de la Table Ronde. La ville ouvre ses portes à de rares élus désignés par les chevaliers mais une terrible vérité se cache derrière ses murs. Ils rencontrent sur leur chemin, Bedivere qui tente de retrouver son roi, de la faction adverse des Pharaons dirigé par Ozymandias et Nitocris et des résistants menés par Arash et les Hassans, tentant de mettre fin au joug de Camelot....

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Dans un futur lointain, la guerre a détruit la Terre entière, ne laissant qu'une terre désolée où l'approvisionnement en eau est contrôlé par un roi avide. À la recherche d'un lac perdu depuis longtemps, le shérif Rao demande de l'aide au roi des démons... et obtient le fils du roi, Belzébuth, et son assistant, Voleur. Ensemble, le trio improbable se lance à travers le désert, affrontant dragons, bandits et l'ennemi le plus mortel de tous... l'armée du roi elle-même !...

En l'an 2026, deux ans après avoir été libérés de S.A.O, Kazuto et ses amis survivants profitent enfin de jours paisibles. Récemment, la réalité augmentée est devenue possible grâce à l'Augma, et avec cette mode vient son lot de modifications du quotidien. Un nouveau jeu émerge "Ordinal Scale" qui devient rapidement si populaire que la réalité virtuelle s'en trouve délaissée. Kazuto, de nature peu athlétique, ne semble pas motivé par la réalité augmentée, mais c'est alors que d'anciens boss de S.A.O font leur apparition... Et d'autres fantômes du passé menacent de ressurgir......

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