Ne supportant plus l’environnement familial et après avoir intégré une étrange communauté sur Internet, Noriko Shimabara, le 10 décembre 2001, quitte Toyokawa pour Tokyo. Le 26 mai 2002, 54 jeunes filles se jettent sous un train en gare de shinjuku. Après cette terrible nouvelle, la sœur de Noriko, Yuka, disparait à son tour. Le père décide alors de partir à la recherche de ses filles et va découvrir une terrible vérité, une vérité qui dépasse l’entendement....

Dans un petit village de pêcheurs, un jeune graçon découvre un oeuf. Naît alors une petite tortue qui n'est pas comme les autres, c'est un Gamera : un animal aux grands pouvoirs qui ne cesse de grandir. Alors que sa famille adoptive tente de le protéger contre la société, une nouvelle menace fait son apparition. Le jeune Gamera pourra-t-il sauver le village ?...