Durant l’ère Edo, deux clans convoitent mutuellement l’épée Ginryu, l’un des biens les plus précieux de la famille Sugawara. Shuranosuke Sakaki, un jeune homme expert en sabre mais de caractère austère et distant, accepte d’aider le clan Nakura à délivrer la princesse Mayu, retenue en otage par le clan ennemi en échange de l’épée Ginryu....

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Année 2808… Trois condamnés à perpétuité sont recrutés en tant que membres de la Cyber Police pour faire reculer l'activité criminelle à Oedo (ancien Tokyo). n retour et pour chaque mission accomplie, ils gagneront une réduction de peine de quelques années. Toutefois, afin de s'assurer que ces condamnés fassent le travail correctement, la police spéciale a placé des colliers autour de leur cou. Et s'ils tentent de l'enlever ou ne respectent pas les délais pour finir une mission, le collier s'autodétruit....

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Dans un temple de Tôkyô, trois hommes se réunissent secrètement lorsque surgit subitement une ombre noire portant un masque d'Okina qui les élimine un à un, à l'aide d'un arc et d'une épée. Au même moment, à Osaka et Kyôto, deux meurtres sont également commis. L'enquête des forces de police démontre que ces cinq individus appartient à un même groupe de voleurs appelé "Genjibotaru", qui ont déjà sévi dans les villes de Tôkyô, Osaka et Kyôto, dérobant divers objets et œuvres d'art. La police, elle, ne parvient pas à trouver le mobile de ces différents meurtres : vengeance ? conflits internes ?...

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Dix ans après la mort de leur père, Terry et Andy Bogard retournent à Southtown afin de le venger. Ils doivent pour cela affronter le seigneur du crime, celui qui possède toute la ville : Geese Howard. Aidés du champion de kickboxing Joe Higashi, ils participent au prestigieux King Of Fighters, dans l'espoir de combattre enfin Geese et assouvir leur vengeance....