Heihachi Mishima est le patron d'une multinationale qui n'a qu'un seul but : contrôler et avoir le monopole dans la fabrication des armes. Jun Kazama est un agent secret chargé d'investiguer dans une île où Mishima est soupçonné de fabriquer des armes biochimiques ultradangereuses. Pour accéder à cette île, Jun doit participer à un tournoi d'arts martiaux que Mishima organise. Dans ce même tournoi, elle rencontre Kazuya Mishima, qui n'est autre que le fils de Heihachi Mishima. Kazuya veut en effet se venger de son père qui l'avait jeté, alors qui n'était qu'un enfant, du haut d'une falaise, le laissant ainsi pour mort....

Chihiro, 10 ans, a tout d’une petite fille capricieuse. Elle s’apprête à emménager avec ses parents dans une nouvelle demeure. Sur la route, la petite famille se retrouve face à un immense bâtiment rouge au centre duquel s’ouvre un long tunnel. De l’autre côté du passage se dresse une ville fantôme. Les parents découvrent dans un restaurant désert de nombreux mets succulents et ne tardent pas à se jeter dessus. Ils se retrouvent alors transformés en cochons. Prise de panique, Chihiro s’enfuit et se dématérialise progressivement. L’énigmatique Haku se charge de lui expliquer le fonctionnement de l’univers dans lequel elle vient de pénétrer. Pour sauver ses parents, la fillette va devoir faire face à la terrible sorcière Yubaba, qui arbore les traits d’une harpie méphistophélique....

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Il s'agit du premier volet de la trilogie de films Eureka Seven. Cette nouvelle saga se déroulera 10 ans avant les événements de la série et se concentrera sur le premier phénomène "Summer Of Love"....