Au XIXe siècle, trois clans se distinguent pour former les meilleurs ninjas : les clans Kasumi, Hyuga et Hagakure. Ayame est une kunoichi du clan Kasumi de Shinano. Son village a été mis à feu et à sang par une immense créature cauchemardesque. Et son grand frère, avant de périr, lui a confié la dague du clan, l'une des trois reliques sacrées ayant le pouvoir singulier de vaincre les ténèbres. Elle croise la route de Sakon du clan Hyuga de Kaga qui est lui aussi le seul survivant de son clan, mais tous deux se retrouvent attaqués par des monstres de l'armée d'Oboro. En effet, depuis peu, les clans de ninja se font décimés un peu partout dans le pays. Ayame voudrait convaincre Sakon et les ninjas de Hagakure de faire front commun pour vaincre ces dangereux ennemis....

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