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Le fier et talentueux rônin Nemuri KYOSHIRO est chargé par le chef du clan des KAGA d'assassiner le vil expert en arts martiaux NOBUNAGA. Il s'agit en fait d'une ruse pour se débarrasser du dernier témoin d'un trafic de marchandises, qui pourrait dénoncer ces activités illégales au shogun. Découvrant la vérité, Nemuri tente de retrouver une mystérieuse statuette de jade contenant un document inculpant le chef des KAGA. En même temps, le rônin tombe amoureux de Chisa, censée l'espionner…...

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Des paysans, endettés jusqu'au cou, sont dans l'impossibilité de rembourser le chef yakuza d'une maison de jeu. Ce dernier les fait kidnapper et demande à Zatoichi de servir d'intermédiaire pour collecter la somme exigée auprès du propriétaire de la maison de jeu rivale. Quand Zato se rend compte qu'il a été manipulé dans une guerre pour le contrôle des tripots, il est trop tard : son commanditaire élimine l'autre, et accroît son pouvoir. Désormais, Zato a deux objectifs : rétablir l'injustice qu'il a contribué à provoquer, et venir en aide à la femme qu'il a involontairement condamnée à la prostitution en tuant son mari lors d'une embuscade…...

Un voyou pratiquant les arts martiaux, fornicant, buvant de l'alcool, jouant un prêtre qui rivalise avec le voyou yakuza local en ouvrant sa propre maison de jeu et en bat beaucoup pour démarrer. Le prêtre combat ses propres conventions, les yakuzas, les femmes amoureuses et assure la justice de rue....

Un aveugle d'aspect pataud fait son irruption dans la petite province de Shimosa. Nommé Ichi, il se fait vite connaître pour ses talents de masseur et pour son habileté surnaturelle aux dés. Mais une autre réputation l'a précédé : en dépit de son handicap, c'est un bretteur hors pair. Et le boss Sukegoro, du clan yakuza Iioka, entend bien s'attacher ses services dans la guerre sanglante qui gronde contre son ennemi irréductible, le clan Sasagawa. Pour Zatoichi, c'est aussi la perspective d'un combat à mort contre Hirate, un mercenaire pour lequel il s'est pris d'amitié…...

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