Dans cette ville, les enfants qui jouent à un Kakurenbo (cache-cache) un peu particulier sont amenés à ne jamais être retrouvés. Cet anime nous propose de suivre une partie de Kakurenbo de 8 de ces enfants masqués et de découvrir tous les mystères du jeu. Pour autant, dans les règles de ce Kakurenbo, outre le fait que les enfants doivent porter un masque, ils ne doivent être que 7 pour que le jeu se lance......

Yusei Fudo, plongé en pleine mélancolie, décide de faire un tour en moto avec ses amis. Soudain, un mystérieux duelliste masqué nommé Paradox, apparaît et lui vole sa carte fétiche Dragon Poussière d'Étoile puis s'enfuit dans une brèche du temps. Au même moment, le monde est sur le point de s'écrouler. Pour empêcher cela, Yusei doit voyager à travers les époques et retrouver les héros du passé et du présent soit : Yugi Muto et Jaden Yuki. Tous doivent s'unir afin d'empêcher la mort de Pegasus, le créateur du duel de monstres, et que le monde des duels sombre dans le chaos…...