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A Singapour, Conan enquête sur un meurtre perpétré dans un hôtel de luxe. Les premières pistes mènent alors le détective sur les traces du Blue Sapphire, un joyau disparu au fond de l'océan durant 19ème siècle lors d'un tragique naufrage....

Un tueur professionnel, plus connu sous le nom de "Fable" obéit aux ordres de son patron yakuza depuis son plus jeune âge. Sous les ordres de celui-ci, il est contraint, avec son équipière, de prendre une année sabbatique à Osaka pour apprendre à se comporter comme un citoyen ordinaire et promet de ne tuer personne pendant un an. Cependant, des membres de la mafia menacent sa nouvelle vie tranquille......

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Le Japon se prépare à accueillir les Jeux Sportifs Mondiaux (JSM) à Tokyo. Le tout nouveau train à très grande vitesse Hyper Linear « Japanese Bullet » est le premier au monde à opérer dans un tunnel sous vide. Ce bijou de la technologie japonaise, capable d’atteindre 1000KM/h, sera inauguré à l’ouverture des JSM. Lors d’une fête organisée pour les sponsors des jeux, d’étranges incidents ont lieu, puis des personnalités sont kidnappées. Conan enquête et trouve un lien potentiel avec les kidnappings qui ont eu lieu aux JSM de Boston 15 ans auparavant....