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Un mystérieux incident a lieu dans un train au Japon. Au même moment, un local du FBI est détruit par une explosion. Les deux affaires semblent reliées par un virus informatique du nom de Wizard créé par Alessandro Carolina Madoka, une jeune femme dont les capacités ressemblent à celles d'Ataru. L'enquête japonaise menée par Hoshi Akiho, et dont fait notamment partie l'inspecteur Sawa, collabore alors avec une équipe du FBI dirigée par Larry Inoue. Celui-ci revient au Japon accompagné d'Ataru pour mettre la main sur Madoka. L'ancienne policière devenue détective privée Ebina Maiko tente également de se mêler de l'affaire. Si Madoka apparait au début comme la coupable idéale, des éléments troublants poussent les enquêteurs à suspecter de plus en plus Ataru....

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Otokojuku est un internat pour garçons, qui tente de faire de jeunes adolescents des hommes émérites selon un code samouraï; l’esprit et la force sont inculqués selon des méthodes ancestrales musclées. L’entraînement ne sera pas de trop pour tenter de contrer l’attaque revancharde d’un ancien élève humilié, Date Omito, qui provoque les trois meilleurs élèves de l’école en des duels en 3 rounds, dont le premier se passe dans une caverne qui s’écroule au fur et à mesure des coups donnés, le second accroché à une corde le long d’une falaise au-dessus du vide et le troisième sur un ring entouré d’acide....

De minuit à 5h du matin, des personnes se réunissent dans un appartement haut de gamme à Roppongi, pour y entretenir des relations sexuelles sans amour....

Kae est étudiante, elle travaille dur pour pouvoir devenir un jour institutrice. Un jour, elle emménage dans un nouveau appartement, où elle ne tarde pas à découvrir le journal intime d'une jeune femme, Ibiku Mano. Cette dernière écrivait dans le carnet à l'époque où elle commençait juste à enseigner dans une école primaire. Kae se met à lire son journal et s'identifie à la jeune femme......

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Tandis que Toma et Sebumi enquêtent entre autres sur la disparition de Satoko, de grandes manœuvres se préparent dans l'ombre. Une organisation regroupant les puissants de ce monde est en train de mettre en place son Simple Plan pour tenter d'éradiquer de la surface de la planète tous les individus disposant de SPEC. Mais ce n'est rien à côté de ce que fomentent le mystérieux Sekai et sa comparse, qui prévoient eux carrément la fin de toute l'humanité. Toma est la seule à pouvoir sauver le monde, mais pour cela elle va devoir faire des sacrifices....

SPEC: Close - Reincarnation est la suite directe de SPEC: Close - Incarnation, le film ayant seulement été coupé en deux parties pour des raisons d'exploitation. Le synopsis ci-dessous contient donc des révélations sur la trame du volet précédent. La mort de Nonomura ne sera pas vaine. Grâce à son sacrifice, Toma commence à comprendre le fonctionnement du Simple Plan et découvre la véritable identité du Professeur J. Mais le temps presse, le Japon et même le monde sont sur le point de s'écrouler. Toma va devoir utiliser ses pouvoirs cachés pour tenter de prendre le dessus lors de son face-à-face avec Sekai....

Depuis son plus jeune âge, Kudo Sayaka est une enfant à problèmes. Au lycée, elle passe son temps à s'amuser avec ses trois meilleures amies sans jamais étudier. Prise avec un paquet de cigarettes, elle est forcée de prendre des cours privés du soir pour éviter l'exclusion de son école. C'est ainsi qu'elle va faire la rencontre du professeur Tsubota qui va l'aider à retrouver confiance en elle et lui permettre de passer l'examen d'entrée de la prestigieuse université Keio....

Masaharu Fukuyama reprend le rôle qu'il avait joué dans "Suspect X" en 2008, en interprétant le physicien-détective Manabu Yukawa. Le scientifique et enquêteur arrive dans une ville côtière pour participer à une conférence. Mais lorsqu'un homme est retrouvé mort à l'extérieur de l'auberge où il loge, Yukawa commence à démêler les liens qui unissent la victime à la fille activiste des aubergistes et à un garçon précoce qui apparaît pour la première fois dans un train et qui ne cesse de réapparaître. Il s'agit d'un mystère à la Sherlock Holmes avec une touche environnementale, qui devrait plaire aux amateurs de romans policiers classiques....

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Mika, infirmière le jour et hôtesse la nuit, et Shinji, ouvrier intérimaire dans le bâtiment, se rencontrent plusieurs fois par hasard dans Tokyo. Tokyo exacerbe en eux deux les mêmes angoisses : la peur de la mort, de la solitude, de la pauvreté. Leur rencontre va peut-être leur permettre de surmonter leur fatalisme....

Koto Yuiko fait des rêves troublants dont elle interdit l'accès à son grand-père et à son professeur Mutoi Ayami. En parallèle, sa classe accueille un nouvel élève du nom de Kanji Shibui qui se trouve être le nouveau prince des rêves quelque peu maléfiques de Koto Yuiko. Kanji Shibui aurait-il des projets malveillants ?...

Eriko Kiryu est victime d'un accident. Elle est brûlée et se fait refaire le visage, prenant celui d'une autre personne. Elle se fait passer pour morte et vit avec ce nouveau visage pour venger la mort de son petit ami, Jiro. En réalité, son "accident" n'est autre qu'une tentative meurtre....

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Un an après l'affrontement entre les détectives Saya Toma, Takeru Sebumi et Satoshi Chii. Takeru Sebumi revient après une pause due à ses problèmes oculaires. Kenzo Ichiyanagi est nommé chef de section, tandis que Kotaro Nonomura est rétrogradé. Un nouveau membre, Shu Kikkawa, rejoint l'équipe....

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Ryoata, un architecte obsédé par la réussite professionnelle, forme avec sa jeune épouse et leur fils de 6 ans une famille idéale. Tous ses repères volent en éclats quand la maternité de l'hôpital où est né leur enfant leur apprend que deux nourrissons ont été échangés à la naissance : le garçon qu’il a élevé n’est pas le sien et leur fils biologique a grandi dans un milieu plus modeste…...

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