Embers se déroule plus d'un dizaine d'années après Assassin's Creed: Revelations et suit un Ezio Auditore plus vieux, qui vit maintenant à Florence avec sa famille : sa femme, Sofia Sartor, avec laquelle il a eu un fille, Flavia et un fils, Marcello. Ezio sent son heure arriver et ne sait comment dire adieu à sa femme....

Peppino Lo Cicero, ex-tueur à gages de la Camorra est fier de son fils qui gravit les échelons du crime organisé. Mais quand celui-ci est froidement tué dans un guet-apens, il reprend du service accompagné de son ami Toto le boucher. Leur quête de vérité va déclencher une spirale de vengeances et de trahisons dans les clans mafieux du Naples des années 70....