Grave est un rônin qui erre dans un cadre post apocalyptique au temps où l’humanité est réduite à une poignée de guerriers, de moines et d’esprits mystiques qui se combattent pour survivre. Il est à la recherche d'une mystérieuse tombe qui renfermerait la déesse de la destruction. Il finit par la voler mais sa possession du sarcophage devient la convoitise de tous et le met face à plusieurs difficultés....

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L'histoire alterne entre le passé et le présent, liés par une chanson fatidique. Pendant la Seconde Guerre mondiale, le sous-marin japonais I-77 combat un destroyer américain au large d'Okinawa. Avant de partir en guerre, le capitaine a reçu un cadeau de son amant, la partition d'une chanson intitulée Manatsu no Orion. Soixante-quatre ans plus tard, sa petite-fille découvre la partition et la signification de la chanson....