Inspecteur à Reykjavik, Erlendur enquête sur le meurtre d'un vieil homme apparemment sans histoire. La photo de la tombe d'une petite fille retrouvée chez la victime réveille pourtant une affaire vieille de quarante ans. Et conduit Erlendur tout droit à Jar City, surprenante collection de bocaux renfermant des organes, véritable fichier génétique de la population islandaise......

Quand une mafia étrangère décide de faire main basse sur le trafic de drogue en Islande, le quotidien de plusieurs personnes va s’en trouver bouleversé, les liant entre elles indirectement et pour toujours : une jeune femme officier de police portant son deuil, un mécanicien serbe réclamant vengeance, un criminel cardiaque, un policier corrompu de la brigade des stups......

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Un groupe de touristes embarque sur un bateau d'observation et part pour ce qui devait être une balade tranquille afin de découvrir la vie sauvage islandaise... Mais le bateau tombe en panne et le groupe est secouru par les marins d'un autre navire, qui se révèle être un baleinier. La pêche à la baleine n'étant plus autorisée, le petit groupe va vite devenir la cible d'une chasse à l'homme dans les eaux glacées d'Islande....