Ichi, appelé pour masser le seigneur du fief Kuroda, est témoin de la folie du maître. Trois samouraïs, à la demande de l'intendant du han, essayent en vain de le faire taire. Ichi se retrouve pourchassé par les hommes de main du parrain Kanbei, commandités par l'intendant du fief pour que ce terrible secret ne puisse être ébruité. Aidé par Osetsu, jeune femme qui lui rappelle étrangement son prime amour Ochiyo, il gagne Lioka dans l'intention de se rendre sur la tombe d'Hiraté au temple de Sasagawa, tenant la promesse de venir lui rendre hommage un an après sa mort......

Zatoichi nous revient plus guilleret que jamais, débutant le film par un tournoi de sumotori qu'il remportera avec beaucoup d'énergie. Mais, rassurez-vous, le pessimisme ambiant ne tardera pas à refaire vite surface. La tête de Ichi est mise à prix par un parrain local. Les yakuzas, alléchés par l'argent, n'hésitent pas à s'en prendre à lui et à périr sous sa lame. Cependant, obligé de tuer un jeune yakuza attiré par la prime, Ichi décide de se rendre au village du défunt afin de présenter ses excuses à la mère de celui-ci ainsi que pour trouver qui a mis sa tête à prix......

Fils du vassal Takakura, le samouraï Shingo a une réputation de bretteur invincible qui lui attire les faveurs de son suzerain. Un jaloux cherche alors à désavouer Shingo en remettant en question ses origines. Mais il est accusé de diffamation et, dans un accès de rage, blesse à mort Takakura. À l'agonie, ce dernier avoue à Shingo qu'il n'est pas son vrai père et lui révèle les origines de sa naissance. Shingo devient alors un rônin (samouraï vagabond) avant d'entrer au service de Matsudaïra, un proche conseiller du shogun. Mais la guerre civile gronde et met en péril le régime shogunal…...

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Un aveugle d'aspect pataud fait son irruption dans la petite province de Shimosa. Nommé Ichi, il se fait vite connaître pour ses talents de masseur et pour son habileté surnaturelle aux dés. Mais une autre réputation l'a précédé : en dépit de son handicap, c'est un bretteur hors pair. Et le boss Sukegoro, du clan yakuza Iioka, entend bien s'attacher ses services dans la guerre sanglante qui gronde contre son ennemi irréductible, le clan Sasagawa. Pour Zatoichi, c'est aussi la perspective d'un combat à mort contre Hirate, un mercenaire pour lequel il s'est pris d'amitié…...

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Un homme débarque à Tsushima, haut lieu de contrebande depuis la guerre, avec l’intention de tuer celui qui lui a enlevé sa petite amie. S’ensuit une guerre des gangs sur l’île....

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