Le détective Yoshioka enquête sur plusieurs meurtres qui semblent liés entre eux. Chaque victime est découverte noyée, le corps rempli d’eau salée, cette même eau qui menace d’engloutir des quartiers désaffectés des alentours de Tokyo au prochain tremblement de terre. Tourmenté par le stress et par la crise que traverse son couple, Yoshioka découvre sur les lieux des crimes des objets familiers qui le poussent à s’interroger sur sa propre culpabilité : se pourrait-il qu’il soit le meurtrier ?…...

Quelques cellules de Godzilla sont récupérées à Tokyo sur le lieu du combat précédent. Le professeur Shiragami est chargé de les étudier, mais malheureusement le laboratoire est attaqué et sa fille bien-aimée tuée. Le professeur abandonne le projet, et se consacre à une rose, trouvée près du corps de sa fille, et dans laquelle l'âme de cette dernière s'est, pense-t-il, réincarnée. Cinq ans plus tard, le professeur est recontacté pour créer une arme bactériologique à partir des cellules de Godzilla, car ce dernier est en train de se réveiller. Mais le professeur Shiragami mélange en fait les cellules du monstre avec celles de la fameuse rose qui est en train de mourir. Cela va donner naissance à Biollante....

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