Japon, années 20. Médecin, Yukio vit entouré de ses parents et de sa femme, amnésique depuis un mystérieux incendie. Alors qu'une présence mystérieuse hante la maison, son père puis sa mère meurent dans des circonstances inexpliquées. Puis, Yukio est précipité au fond du puits du jardin par une "apparition" qui prend ensuite sa place......

Quelques cellules de Godzilla sont récupérées à Tokyo sur le lieu du combat précédent. Le professeur Shiragami est chargé de les étudier, mais malheureusement le laboratoire est attaqué et sa fille bien-aimée tuée. Le professeur abandonne le projet, et se consacre à une rose, trouvée près du corps de sa fille, et dans laquelle l'âme de cette dernière s'est, pense-t-il, réincarnée. Cinq ans plus tard, le professeur est recontacté pour créer une arme bactériologique à partir des cellules de Godzilla, car ce dernier est en train de se réveiller. Mais le professeur Shiragami mélange en fait les cellules du monstre avec celles de la fameuse rose qui est en train de mourir. Cela va donner naissance à Biollante....

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Les aventures et les tribulations d'un groupe d'étudiants au cours des années qui ont suivi la Seconde Guerre mondiale....

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Mitsuo ne s’investit pas dans ses études, ce qui inquiète ses parents. De retour après une longue absence, Tora l’emmène à Asakusa pour recueillir ses confidences....

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À Komoro, Tora est hébergé par une vieille femme gravement malade. Il la persuade de se faire soigner....

En Autriche, Tora ne manifeste aucun intérêt pour la culture locale. Il y fait la rencontre d’une guide japonaise, et commence à se sentir comme au Japon....

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Deux ans après le précédent épisode, une affaire importante se produit qui a le potentiel de faire tomber l’organisation de la police toute entière. L’inspecteur de police Aoshima et ses collègues vont avoir trois jours pour tenter de démêler l’affaire…...