Au Japon, dans la ville de Karakura, des esprits font leur apparition. Le monde est alors menacé de destruction par le groupe Dark One. Ichigo et ses amis vont tout tenter afin de sauver le monde....

Une mystérieuse explosion d'énergie spirituelle se produit dans le monde de la Soul Society. Kisuke, prévenu de cette anomalie envoie alors Ichigo pour avoir de plus amples informations. Une fois sur place, Kurosaki se fait attaquer par les shinigamis, qui furent autrefois ses alliés, car ils n'ont plus aucun souvenir de lui. Une fois cette première mauvaise surprise passée, il se rend compte que Rukia a disparu. Ne pouvant compter que sur lui-même, il part donc à la recherche de réponses....

Il y a quelques années, un pirate informatique surnommé « le rieur » avait kidnappé pendant deux jours un industriel fabricant des micromachines dans le domaine médical. Le criminel était apparu sur une chaîne de télévision affublé d’un smiley naïf à la place du visage. Depuis, on lui prête l’orchestration d’un vaste racket auprès de différentes sociétés de micromachines. 6 ans plus tard, le rieur refait son apparition et pirate le cerveau d’un préfet de police. Il dit vouloir ouvrir les yeux du monde sur un vaste complot médico-politico-militaire. C’est alors que la Section 9 est confrontée à nombreux actes terroristes commis par des individus se réclamant tous être « le rieur ». Mais qui sont ces copies ? Qui est l’original ? Certains groupuscules ne se serviraient-ils pas du rieur pour œuvrer à leurs fins ? Motoko et son équipe doivent démêler cet écheveau qui ira jusqu’à mettre en péril la vie de plusieurs membres de la cyber-police....

Nous sommes en 2031. Cela fait 2 ans que Motoko Kusanagi a quitté la Section 9. Togusa est maintenant le nouveau leader d'une équipe dont le nombre a considérablement été revu à la hausse. Cette nouvelle Section 9 affronte à présent une série d'évènements complexes et leur enquête révèle l'implication d'un hacker de classe archi-mage, surnommé le Marionnettiste, à la source de tous les incidents. Tandis que Batô mène l'enquête de son côté, il rencontre Kusanagi. Elle repart en lui disant de se tenir à l'écart du Solid State. Un doute envahit Batô. Kusanagi pourrait-elle être le Marionnettiste ?...

Japon. 2034. Des terroristes surnommés « Les onze individuels » prennent les employés de l’ambassade de Chine en otage pour réclamer la fermeture des quartiers des réfugiés chinois. Le premier ministre refusant que l’affaire s’ébruite, la Section 9 est appelée pour intervenir. D’autres actes terroristes sont commis sous ce nom énigmatique. Mais il semble bien que c’est un nouveau « Stand Alone Complex » auquel Motoko et son équipe ont à faire, c'est-à-dire un phénomène faisant que des individus qui ne se connaissent pas œuvrent dans un but commun. L’équipe est à son (cyber) corps défendant chaperonnée par Kazundo Gôda, un homme d’influence dont le visage à moitié défigurée inspire la terreur. Quelles sont les réelles motivations de cet énigmatique individu qui sous couvert de solutionner une situation de crise semble la tirer volontairement vers le chaos général ?......

Alors qu'un artefact connu comme le "sceau du roi" est volé pendant son transport à la Soul Society, la dixième division du Gotei 13 était chargé de sa sécurité. Toshiro Hitsugaya, le capitaine de cette division, est porté disparu après une bataille avec les voleurs, ce qui pousse le Seireitei à le suspecter de traitrise. Ils ordonnent sa capture immédiate ainsi que son exécution. Incapables de croire qu'il ait été capable de commettre un tel crime, Ichigo Kurosaki, Rangiku Matsumoto, Rukia Kuchiki, et Renji Abarai partent retrouver Toshiro afin de laver son nom. Pendant ce temps, Toshiro est recherché par les voleurs, et marche vers un sombre secret qui impliquerait un shinigami mort depuis longtemps....

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Une conspiration se trame depuis longtemps à Raja, un petit pays à l'ouest de Tempest, autour d'une mystérieuse puissance connue sous le nom de « Reine ». Lorsqu'un slime (créature la plus banale qui soit) ayant évolué en un roi-démon nommé Limule Tempest croise le chemin de Hiiro, un survivant des Ogres, une incroyable aventure commence ! Elle sera faite de rencontres avec de nouveaux personnages, mais leurs liens seront mis à rude épreuve…...

En 2045, Motoko Kusanagi et la Section 9 affrontent une nouvelle menace redoutable dans cette version long-métrage de la première saison de "SAC_2045"....

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