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L'aventure fait place à l'action avec l'apparition de Mewtwo, un Pokémon de laboratoire créé avec l'ADN de Mew, l'un des Pokémon les plus rares qui soient. Après s'être échappé du laboratoire, Mewtwo est déterminé à prouver sa supériorité : il invite les meilleurs Dresseurs à un combat de Pokémon sans pareil, et bien sûr, Sacha et ses amis sont ravis de relever le défi. L'enthousiasme de Sacha se transforme en colère lorsque Mewtwo décide de cloner les Pokémon des enfants et rétablir l'équilibre entre les Pokémon et leurs Dresseurs. Malgré Sacha, Mewtwo refuse de croire que Pokémon et humains peuvent être amis. Mais face à un jeune Dresseur et à la loyauté de son Pokémon, Mewtwo devra changer de plan et se mesurer à la puissance du mystérieux Mew !...

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Chaque année, à Fuura City, se tient un festival du vent. D'anciennes légendes disent que, le dernier jour de ce festival, le pokémon légendaire Lugia ferait son apparition. De nombreuses personnes participent au festival cette année : Lisa, une lycéenne qui débute en pokémon, Kagachi, un homme vantard qui ne peut s'empêcher de mentir, Torito un chercheur qui manque de confiance en lui, Hisui une vieille femme excentrique qui déteste les Pokémon et Largo, une fille mystérieuse qui se promène seule en forêt....

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Ryoichi rêvait de devenir un rockeur punk quand il était plus jeune, pour finalement devenir un vendeur timide dans une boutique d’instruments de musique. Il est amoureux de Yuko, mais n’ose pas le lui avouer. Un jour, il trouve une tortue sur le toit d’un grand magasin. Il la baptise Pikadon et l’adore, mais ses collègues se moquent de lui. Il finit par jeter sa tortue dans les toilettes, et regrette amèrement son geste. Pikadon se retrouve dans les égouts et rencontre un vieil homme qui vit dans les souterrains. Et quelque chose finit par se passer…...

Au cours de leur voyage, Sacha et ses amis rencontrent un couple de magiciens qui leur confie une pierre mystérieuse. Celle-ci va se transformer en Jirachi, Pokémon miraculeux ayant le pouvoir d'exaucer tous les voeux ! Le couple de magiciens va alors tenter par tous les moyens de le récupérer......

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L’intrigue met en scène Celebi, qui revient du futur pour tenter d’empêcher l'affrontement entre les légendaires Pokémon Raiku, Entei et Suicune. Pendant ce temps, Sasha, Pierre et Aurore se dirigent vers la ville de La Couronne pour assister à la compétition mondiale de cuisine. Ils rencontrent alors Zorua, un Pokémon à la recherche de sa maman lorsque la ville se fait attaquer…...

La légende raconte qu'autrefois existait un Pokmon unique divin. Mais un jour, il s'est divisé alors que deux jumeaux se faisaient la guerre. Le premier avait soif de réalité, le deuxième, soif d'idéal. L'un avait dans son camp Zekrom, le Pokémon Noir Idéal, l'autre, Reshiram, le Pokémon Blanc Réalité. Depuis longtemps demeuraient deux légendes à propos de la création d'Unys, mais chacune d'elles se complétaient Sacha, Iris et Rachid arrive à Eindoak, endroit où se trouve un château à présent en ruine que l'on nomme "l'épée de la Terre". Nos héros participeront au festivité de la ville. Par la suite, ils rencontreront un Pokémon, Victini, lequel possède un pouvoir qui peut agir sur les humains et les Pokémon. Ce même jour, Dread Grangil, un descendant du royaume, essaye de réaliser les désires du royaume en s'emparant des pouvoir de Victini, ce qui causera aussi la perte d'Eindoak. Tout ceci était sans compter l'arrivée de Reshiram et Zekrom....

Dans l'Archipel Orange situé tout au sud de Kanto, le Dresseur Gelardan a un plan sinistre : attraper les Pokémon légendaires Artikodin, Électhor et Sulfura dans le but de réveiller Lugia, le gardien des abysses… Lorsque Sacha et ses amis arrivent, les habitants de l'archipel lui demandent de partir à la recherche de 3 sphères élémentaires issues de différentes îles. Alors que le climat est extrêmement perturbé dans le monde entier, il devient évident que la capture du trio légendaire a déséquilibré la planète. Avec l'aide de Lugia, Sacha pourra-t-il trouver les sphères sacrées, rétablir l'équilibre originel et devenir l'Élu tant attendu par tous ?...

Tout le groupe, fatigué, décide donc de faire une sieste afin de se retrouver après en pleine forme....

Pendant leur voyage, Sacha, Ondine et Pierre décident de laisser leurs Pokémon dans un centre de vacances. Sacha demande à Pikachu de faire attention à Togepi. Dès l'entrée, Pikachu se fait écraser par ses congénères, visiblement plus pressés que lui d'entrer....

Dans une grande ville, à bord d'un ascenseur, Pikachu remarque un Pichu lui tirant la langue au loin, le Pokémon de Sacha fait de même. Une fois arrivés à destination, et alors qu'ils sortent tous leurs Pokémon, Sacha, Pierre et Ondine les laissent vaquer pendant qu'ils sont occupés à autre chose. Sur le toit d'un immeuble, les Pokémon du Pokégroupe s'amusent, Pikachu repère alors le Pichu vu plus tôt qui continue à se moquer de lui. Le Pichu moqueur est sur le point de tomber mais son frère le récupère, c'est alors au tour de Pikachu de se rattraper de justesse grâce au concours de Granivol et de Miaouss. Cette aventure fait que Pikachu arrive de l'autre côté de la rue et les Frères Pichu décident de l'aider à retrouver ses amis. Malgré leur connaissance de la ville, les petits Pokémon Électrique attirent plein d'ennui à Pikachu durant le trajet. Ils rencontrent un Malosse qui n'apprécie pas de se voir atterrir dessus. Les Pichu attaquent le Pokémon Feu mais s'électrisent eux-mêmes....

Une catastrophe de cristal s'attaque à Greenfield... Sacha, Pikachu et leurs amis doivent trouver une solution pour réparer les dégâts causés à cette ville jadis si élégante. Mais l'impensable se produit quand la mère de Sacha est enlevée par le puissant Entei, un Pokémon qui était censé n'exister qu'en légende... Sacha doit partir à sa rescousse, sans savoir ce que cachent réellement ces événements incroyables : une jeune fille dont le rêve est transformé en cauchemar par des Zarbi mystérieux et inarrêtables....

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En sauvant Celebi, le Pokémon légendaire qui peut voyager dans le temps, des griffes d'un braconnier, le jeune Sammy est projeté dans le futur, à l'époque de Sacha et co. Avec l'aide de ses derniers, il part à la recherche du Pokémon fée pour pouvoir rentrer chez lui, mais c'est sans compter sur la présence d'un célèbre braconnier de la Team Rocket qui est lui aussi sur les traces du Pokémon temporel....

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Sacha, Pikachu et leurs amis Pokémon tentent de mettre fin aux agissements de deux bandits qui se cachent à Alto Mare, une ville constituée d'eau. Se joignent à l'aventure deux nouveaux Pokémon, un frère et une sœur se nommant Latios et Latias....

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Dans ce dessin animé, Pikachu est des dizaines d'autres Pokémon se sont rassemblés dans la forêt Pokémon pour assister au grand spectacle annuel de Meloetta. Alors que le Pokémon fabuleux chante, un Arbre Mélodie pousse, portant des Baies Mélodie, des fruits capables de transformer la chanson de Meloetta en spectacle son et lumières. Malheureusement, l'attaque Tempête de Sable fortuite d'un Crabaraque (causée par Miaouss dans un moment d'inattention) envoie valser les Baies Mélodie. C'est désormais une course dans la forêt pour récupérer les Baies afin que Meloetta puisse continuer son spectacle. Pikachu et ses amis parviendront-ils à rassembler les fruits avant les malicieux Miaouss et Qulbutoké ?...

Pokémon : Évoli & ses amis est un court-métrage qui accompagne le film 16: Genesect et l'éveil de la légende. Il présente le Pokémon Nymphali....

Au début, Sacha et ses amis libèrent leurs Pokémon pour qu'ils puissent jouer. Mais pendant qu'ils jouent, Dedenne s'absente du groupe et se retrouve dans une cave abandonnée remplie d'objets mystérieux. Il est rejoint par Pikachu. Ils trouvent une clé qui attise la curiosité d'un Trousselin sauvage. Celui-ci utilise la clé pour ouvrir un portail vers un autre monde, lui même connecté à une multitude d'autres via des portails. Les clés collectées par Trousselin permettent d'ouvrir les accès. Les Pokémon du Pokégroupe se retrouvent embarqués pour visiter ces endroits mystérieux. Durant leurs aventures, il débouchent dans un endroit gelé où ils rencontrent un Ptyranidur, un Amagara et même un Jirachi. Après un quiproquo, les groupes se lient d'amitié mais le portail permettant de rentrer s'affaiblit. Les Pokémon prennent des risques et finissent par rentrer sains et saufs. Trousselin dit adieu à ses nouveaux amis et le portail vers son monde se referme....

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Une météorite s'écrase sur la Terre, libérant Deoxys, visiteur de l'espace. Rayquaza, gardien de la Terre, descend exceptionnellement sur notre planète pour tenter désespérément de détruire Deoxys... Sacha et ses amis vont se retrouver malgré eux au beau milieu de cette bataille de titans !...

La légende dit qu'autrefois, Aaron, l'Aura Gardien, aidé de son Pokémon Lucario, réussit à arrêter une terrible guerre. Au Palais Cameran, les habitants organisent chaque année un tournoi Pokémon pour le célébrer. Sacha y participe et gagne, obtenant ainsi le titre d'Aura Gardien. Mais le Pokémon légendaire Mew apparait alors et kidnappe Pikachu ! Lucario fait irruption et emmène Sacha et ses amis dans un périple à destination du mystérieux Arbre des Origines qui est protégé par les Golems Regirock, Regice et Registeel....

Autrefois, le Peuple des Mers construit un temple et y cacha un trésor : la Couronne des Mers. De nos jours, Sacha et Pikachu rencontrent Lizabeth, descendante du Peuple des Mers et Jackie, Pokémon Ranger chargé de protéger un oeuf de Manaphy et de trouver le Temple. Soudain, les voilà attaqués par Fantôme le pirate qui projette de conquérir le monde et voler la Couronne des Mers, mais pour cela il a besoin de cet oeuf....

Après qu'une expérience scientifique ait conduit à la création d'un clone de Mewtwo, il entreprend de détruire le monde. Ash et ses amis décident alors de déjouer les plans diaboliques de Mewtwo......

Mewtwo vit avec les pokémons clones dans lieu magique et préservé des humains de la région de Johto. Mais Giovanni est sur le point de le retrouver....