Huit mois après les derniers événements, alors que Genji est sur le point d'être diplômé du lycée Suzuran, il se voit contraint de régler une dernière affaire avec une école rivale....

Masaru et Shinji n’aiment pas le lycée. Ils préfèrent traîner dans les bars, voler et glander. Mais un jour, les deux adolescents reviennent accompagnés d’un ami boxeur qui met Masaru KO. Ce dernier décide alors de se mettre au Noble Art, rapidement suivi par Shinji, lequel va se révéler bien meilleur boxeur. Dépité, Masaru va tenter sa chance du côté de la pègre locale…...

Naomitsu second fils de la famille Hatakeyama et sa fiancée la princesse Ako sont forcés de s'enfuir suite à une conspiration menée contre celui-ci. Durant leur fuite, ils tombent nez à nez avec un bandit du nom de Tajomaru. Après que Naomitsu soit parvenu à le tuer, il va décider de prendre la place de celui-ci. Il espère ainsi réussir à prendre sa revanche sur ses ennemis et retrouver sa place....

Une nouvelle rentrée se prépare au lycée Suzuran. Les boss de l’établissement, Genji et Tamao, ont été diplômés. Une bataille s’engage alors entre les nouveaux lycéens pour déterminer qui contrôlera l’établissement......

Alors que les culottes du monde entier sont en train de disparaître, Aiko a des doutes sur ses sentiments envers Kyosuke et décide de partir avec la culotte avec laquelle le jeune homme se transformait en Hentai Kamen pour combattre le mal. Souffrant du départ de Aiko, le héros décide de se retirer, c'est alors qu'un nouveau grand méchant apparaît......

Takiya, un nouveau venu au sein du lycée Suzuran, où des bandes très violentes s'affrontent quotidiennement, veut tenter d'en prendre le contrôle. Pour ce faire, il est entraîné par Katagiri, un ancien Yakuza, et doit lutter contre son rival Serizawa....

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Shimazaki Sanpo est un sauveteur de montagne bénévole. Il gravit les montagnes du monde entier et connaît les difficultés et la beauté des montagnes. Il désire partager sa connaissance avec les autres et lorsqu'il est appelé à agir, il ne leur en veut pas même si c'est de leur faute. Shiina Kumi est une nouvelle sauveteuse bénévole qui tente de suivre les traces de son père. Sous la direction du leader du sauvetage, Masato Noda et Sanpo, elle subit un entraînement strict. Kumi apprend les périls de son nouvel emploi et le pouvoir de mère nature......

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Les Yorozuya vont chasser des scarabées dans la forêt. Par hasard, ils rencontrent le Shisengumi. Après plusieurs péripéties, Okita previent Gintoki qu'un tsujigiri (personne qui teste l'efficacité de son nouveau katana en s'attaquant à un adversaire humain) s'en prend à de nombreuses personnes. Au même moment, Gintoki reçoit une requête : il doit retrouver le voleur du Benizakura, un sabre qui serait maudit......

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Rui Shinozaki, ancien boxeur au passé compliqué, devenu gardien de nuit, rencontre Yoshitaka Yuriko, une de ses nuits. Cette dernière est malvoyante qui a perdu sa famille et sa vue suite à un accident de voiture quatre ans auparavant. D'abord surpris du côté pétillant de Yuriko, il s'attache rapidement à elle. Ils vont vite nouer des liens très forts....

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Jojima est un policier qui s'est fixé comme but de mettre fin aux activités du truand Ryuichi. Mais quand il voit que le seul moyen de sauver sa fille, atteinte d'une maladie mortelle, est de réclamer l'aide d'un caïd yakuza afin de payer l'opération, Jojima n'hésite pas et pactise avec l'ennemi. De son côté, Ryuichi a également des problèmes familiaux : son petit frère, de retour des Etats-Unis où il était parti étudier, réalise soudainement que l'argent qui a financé sa formation provient d'actions criminelles. La tension et la rage vont aller crescendo......