Thomas Archer mène l'existence dont il rêve : il a une vie de famille heureuse, et il s'épanouit dans son travail. Mais une nuit, tout bascule : sa femme est agressée et son fils assassiné. La police peinant à trouver le coupable, il décide alors de faire lui-même vengeance, avec l'aide d'une organisation secrète....

En quatre années passées à protéger la Terre de toutes sortes d’invasions extraterrestres, l’agent J, qui travaille secrètement au quartier général des Men in Black, n’a toujours pas trouvé de partenaire avec qui faire équipe. À la suite d’un crime étrange impliquant des extraterrestres, l’agence découvre l’existence d’un redoutable complot menaçant notre planète. Serleena, une maléfique séductrice qui a pris l’apparence d’un top‐model en lingerie fine, est prête à tout pour accomplir son sinistre dessein. J a absolument besoin des services de K, son ancien partenaire qui n’a plus aucun souvenir des MIB et travaille dorénavant à la Poste. J va devoir par tous les moyens le faire sortir de sa retraite....